Les fleurs regroupées en épi terminal sont accompagnées de grandes bractées vert clair, triangulaires, profondément dentées, ressemblant à des feuilles.
Chaque fleur possède un calice renflé à 4 dents et une corolle jaune en tube aplati latéralement et plus ou moins ouvert. La lèvre supérieure en casque est munie à l'extrémité de deux dents bleu-violacé ; sa forme qui rappelle celle d'un nez ou d'un bec, justifie le nom de la plante ( rhino= nez ; anthos= plante).
La floraison s'étale de mai à août.

Le fruit est une capsule abritée par le calice ; à maturité, les graines plates et ailées font du bruit lorsque la plante est agitée.

Le rhinanthe est un plante toxique par ses graines.

Il existe d'autres espèces de rhinanthe qui ont des aspects très voisins et ne se distinguent de celui-ci que par la taille, la présence de pilosité, l'ouverture de la corolle, etc...