La coloration du pelage varie fortement selon les saisons, l'âge et le sexe : d'une teinte brun-roux en été et gris-brun en hiver ; le mâle a généralement un pelage plus sombre que la femelle.

Lamue intervient deux fois par an, aux printemps (avril-mai), alors les cerfs perdent leur pelage épais de l'hiver pour laisser apparaître une nouvelle peau plus fine et plus claire, puis à l'automne (octobre) apparait un pelage plus épais et plus foncé pour supporter les froids d'hiver.

Une tache jaune clair, appelée « cimier », orne la croupe des deux sexes.

Le faon a, jusqu'à l'âge de quatre mois environ, un pelage brun clair tacheté de blanc que l'on appelle « livrée ».

Exceptionnellement, des cerfs ont un pelage blanc, tels qu'en captivité au parc de Dyrehaven (Danemark), et auMoulin de Poyaller (dans les Landes, en France),ou à l'élevage de la belle charme en haute-Marne (champagne Ardenne)

À partir de neuf mois, desbois commencent à pousser sur la tête du mâle sous forme de pivots. À un an, ils sont visibles et le mâle est alors appelé «daguet ». Les bois vont alors tomber chaque année (fin de l'hiver chez les cerfs âgés, début du printemps chez les jeunes) pour repousser au cours de l'été. Une enveloppe nourricière, duveteuse et irriguée de sang, assure leur croissance à la manière d'un placenta pour un fœtus. Fin juillet, le velours tombe. Paradoxe de la nature, les bois ne sont opérationnels que lorsqu'ils sont morts. Pour les dépouiller totalement puis les aiguiser en vue des prochains combats, le cerf va "frayer" en les frottant de façon répétitive aux arbres. Il mange les lambeaux de peau qui pendent aux ramures. Les dimensions et la forme des bois varient individuellement mais aussi selon l'âge et la sous-espèce. Contrairement à une croyance répandue, le nombre decors n'a pas de rapport direct avec l'âge. Le premier cors se nomme l'andouiller de massacre, le second le surandouiller.

Le bois de cerf râpé ou calciné était employé jusqu'à la fin duXIX^e siècle en tant qu'antidiarrhéique, les principes actifs étant lagélatine et lephosphate de calcium.