En1208, le papeInnocent III, confronté à la montée ducatharisme, appelle les barons du nord à se lancer dans lacroisade des Albigeois. Le comte de Toulouse, accusé d'hérésie, et son principal vassal le vicomte de Trencavel sont la cible de l'attaque. Le 1^er août1209,la Cité est assiégée par lescroisés^[30].Raimond-Roger Trencavel se rend très rapidement, le 15 août, en échange de la vie sauve de ses habitants. Les bourgs autour de la Cité sont détruits. Le vicomte meurt dedysenterie dans la prison même de son château le 10 novembre 1209. D'autres sources parlent d'un assassinat orchestré par Simon de Montfort, mais rien n'est sûr. Dès lors, la Cité sert de quartier général aux troupes de la croisade.

Les terres sont données àSimon de Montfort, chef de l'armée des croisés. Ce dernier meurt en 1218 au cours du siège de Toulouse et son fils,Amaury VI de Montfort, prend possession de la Cité, mais se révèle incapable de la gérer. Il cède ses droits àLouis VIII de France, maisRaymond VII de Toulouse et lescomtes de Foix se liguent contre lui. En1224,Raimond II Trencavel reprend possession de la Cité après la fuite d'Amaury. Une deuxième croisade est lancée parLouis VIII en1226 et Raimond Trencavel doit fuir. La Cité de Carcassonne fait désormais partie dudomaine du roi de France et devient le siège d'unesénéchaussée. Une période de terreur s'installe à l'intérieur de la ville. La chasse aux cathares entraîne la multiplication des bûchers et des dénonciations sauvages, avec l'installation de l'Inquisition dont on peut toujours voir la maison dans l'enceinte de la Cité.