L’implantation de Saint-Front au flanc d’une colline a permis de développer sous ses différentes travées un ensemble complexe de cryptes et de chapelles souterraines ou semi enterrées. Un jeu d’escaliers, partant des nefs, permettait d’accéder aux cavités souterraines ; ils sont maintenant obturés.

L’histoire de l’église se rattache à la légende de St-Front qui évangélisa le Périgord vers le IVème ou Vème siècle. C’est autour du lieu d’inhumation du corps de St-Front que s’élevèrent un moustier puis une ville. La première église fut bâtie par l’évêque Chronope vers 500-536. Les Normands la détruisirent vers 732.

Le lieu attirant de plus en plus de monde, l’évêque Frotaire est envoyé à Périgueux en 976, par Hugues Capet, pour construire la grande abbaye de St-Front qui sera consacrée en 1047.

L’église abbatiale ne pouvait accueillir les pèlerins de Compostelle, on construisit donc une église à coupole au cours du XIème siècle. Elle fut placée en prolongement de l’église existante et l’autel servit pour les deux églises. La « vieille église » avait son chœur à l’Est et la nouvelle à l’Ouest. L’église à coupole avait à l’Est un escalier qui permettait d’y accéder depuis les bords de l’Isle.

En 1120, un incendie ravage le bourg, la vieille église et une grande partie de son abbaye.
Vers 1350 l’église à coupole devait être allongée à l’Est (à ’emplacement de l’escalier) par une abside gothique. On construisit non pas une abside mais une chapelle (St-Antoine), dotée par le cardinal Taleyrand et desservie par des chapelains autonomes.
En 1525 on construisit une église paroissiale (St-Jean-Baptiste puis Ste-Anne) accolée au Nord-Est, là où est maintenant la chapelle de la Vierge.
En 1551 et en 1575, les huguenots pillèrent St-Front et en détruisirent le mobilier. Les reliques de St-Front furent emportées et jetées dans la Dordogne.
Entre 1760 et 1764 les coupoles, en très mauvais état, furent couvertes d’une charpente cruciforme couverte d’ardoises.